Im Jahre 1962 kamen verschiedene junge Männer zusammen, die Spaß am Fußball-Sport hatten. Ein Teil kam aus Lechmühlen, der andere aus Seestall. Bis dahin hatte man sich in unregelmäßigen Abständen getroffen, um seine fussballerischen Fähigkeiten auszuleben. So war der „alte Sportplatz“ in Seestall am heutigen Parkplatz der Austragungsort für so manches Duell. Fussbälle waren selten und so wurde das „gute Stück Leder“ immer wieder vom Schuster Andres geflickt.

Im Frühjahr 1962 war es dann soweit, man traf sich wieder einmal im Gasthaus Flößerstuben und es sollte ein Verein gegründet werden. Jedoch war die Suche nach dem 1.Vorstand keine leichte, die einen favorisierten den Lehrer Hartung, die anderen den Wentzl Andres. Ein Miteinander der Beiden war wohl nicht möglich, daher war es erforderlich, eine weitere Versammlung einzuberufen. In dieser wurde dann Hintermeier Josef als erster 1.Vorstand des neu gegründeten Vereins gewählt.

Die Vorstandschaft im Jahr 1962 bestand aus:

1. Vorstand, Josef Hintermeier (bis 1979)
2. Vorstand, Gottfried Schrott sen. (bis 1964)
Kassier, Josef Resch (bis 1968)
Schriftführer, Franz Jäkl (bis 1970)

Im ersten Jahr wurden die Spiele auf dem Ascher Fußballplatz ausgetragen, da der Seestaller Sportplatz erst angelegt werden musste. Als der Rasen dann bespielbar war, wurde auch sofort darauf gespielt. Das Mähen wurde per Hand mit der Sense erledigt und da es noch keine Umkleidekabine gab, zog man sich in der Waschküche des Gasthauses Flößerstuben um. Der Gastwirt, Franz Waldmann vom Auerberg, war den jungen Männern immer wohlgesonnen.

Im Jahr 1963 wurde dann eine Gebäude errichtet, welches heute noch als Umkleidekabine dient.
Die Spiele in der Umgebung wurden per Fahrgemeinschaft erreicht, da sich die Anzahl an Autos noch sehr in Grenzen hielt. So wurde ein Ford M12 fast zu einem Mannschaftsbus.

Die Derbys, wenn Seestall gegen Asch spielte, waren mit bis zu 300 Besuchern gesegnet. Die neu gegründete Mannschaft schaffte in der zweiten Saison 1963/1964 bereits den Aufstieg in die B-Klasse Schongau, die Spieldauer in der B-Klasse dauerte jedoch nur ein Jahr an.

1972 bildete sich dann eine Gruppe die Damengymnastik anbot, welche sich 2018 aber leider auflöste.

1987 wurde die Abteilung Tennis gegründet. Auf Grund des „Becker-Booms“ wurde dieser Trend auch beim FC Seestall umgesetzt und bis heute erhalten.